تتفاقم أعراض متلازمة القولون العصبي الموسمية مع تغيّر الفصول بسبب تبدّل العادات الغذائية، وتغيّر النشاط البدني، واضطرابات النوم، والتوتر،
مما قد يؤثر في حركة الأمعاء وحساسيتها. العوامل الرئيسية وراء تفاقم الأعراض يلقي معهد الجهاز الهضمي في ولاية أريزونا الأميركية الضوء على ازدياد حدة أعراض متلازمة القولون العصبي مع تغير الفصول نتيجةً لعوامل عديدة، منها التغيرات الجسدية المرتبطة بالطقس، والحساسية البيئية،
وتغيرات النظام الغذائي والنشاط البدني، والتوتر الذي يصيب الجهاز الهضمي والدماغ نتيجةً لتغيرات ضوء النهار والحالة المزاجية. درجة الحرارة وحركة الأمعاء تؤثر التغيرات الشديدة في درجات الحرارة على سرعة حركة الجهاز الهضمي فالطقس البارد قد يحفز الجهاز العصبي الودّي ويسبب تشنجات معوية أو تباطؤاً في حركة الأمعاء، بينما في الشتاء قد تتغير معدلات نمو البكتيريا في الأمعاء،
مما قد يؤدي إلى الجفاف أو زيادة الإجهاد البدني. تغيرات ضوء النهار والإيقاعات البيولوجية يؤدي قِصَر النهار في فصلَي الخريف والشتاء إلى تقليل التعرض لأشعة الشمس، مما ينتج عنه انخفاض مستويات فيتامين د، واضطراب الساعة البيولوجية،
وانخفاض المزاج أو الإصابة بالاضطراب العاطفي الموسمي، الأمر الذي يزيد من حساسية الألم الحشوي عبر محور الأمعاء والدماغ. يعاني المصابون بمتلازمة القولون العصبي من ألم في المعدة (بيكسلز) الحساسية وتنشيط المناعة يؤدي ارتفاع نسبة حبوب اللقاح في فصلي الربيع والخريف، أو مسببات الحساسية البيئية،
إلى إطلاق الهيستامين والسيتوكينات الالتهابية في الجسم، مما يزيد من حساسية الجهاز العصبي المعوي ويغير نفاذية الأمعاء. العدوى والأمراض يجلب فصل الشتاء معدلات أعلى من العدوى الفيروسية والتنفسية الموسمية، والتي تسبب التهاباً في جميع أنحاء الجسم،
واضطراباً في ميكروبيوم الأمعاء، وتفاقماً لأعراض الجهاز الهضمي. مستويات النشاط والتوتر غالباً ما يؤدي الطقس البارد أو القاسي إلى نمط حياة أكثر خمولاً وبقاءً في الأماكن المغلقة، مما يبطئ حركة الأمعاء،
بينما يُرهق التوتر الناتج عن العطلات أو القلق المرتبط بالطقس الجهاز العصبي.
